Genel Sekreterlik Ajansın icra organıdır. Genel Sekreterliğin ve yatırım destek ofislerinin en üst amiri Genel Sekreterdir. Genel Sekreter Yönetim Kurulu’na karşı sorumludur.
Genel Sekreter’in görev ve yetkileri 4 sayılı Cumhurbaşkanlığı Kararnamesinin 196. maddesinde belirtildiği üzere şu şekildedir;
a) Yönetim Kurulu kararlarını uygulamak.
b) Yıllık çalışma programı ile bütçeyi hazırlamak ve yönetim kuruluna sunmak.
c) Ajans gelirlerini toplamak, belirlenecek usul ve esaslar ile bütçe ve yönetim kurulu kararlarına uygun olarak harcamaları yapmak.
ç) Yönetim Kurulu tarafından tespit edilecek sınırlar içerisinde, taşıt dışındaki taşınır malların alımına, satımına, kiralanmasına ve hizmet alımına karar vermek.
d) Bölgedeki kişi, kurum ve kuruluşların proje üretme ve uygulama kapasitesini geliştirici faaliyetlerde bulunmak.
e) Özel kesim, sivil toplum kuruluşları ve yerel yönetimlerin proje ve faaliyet tekliflerini değerlendirerek malî destek sağlamak üzere yönetim kuruluna öneri götürmek.
f) Desteklenen proje ve faaliyetleri izlemek, değerlendirmek, denetlemek ve raporlamak.
g) Bölgesel kalkınmayla ilgili yurt içindeki ve yurt dışındaki ajans ve kuruluşlarla işbirliği yapmak ve ortak projeler geliştirmek.
ğ) Yerel yönetimlerin plânlama çalışmalarına teknik destek sağlamak.
h) Personelin performans ölçütlerini belirlemek ve performansını değerlendirmek.
ı) Personelin işe alınması ve işine son verilmesini yönetim kuruluna teklif etmek.
i) Ajans genel sekreterliğini temsilen, bölgesel gelişme ile ilgili ulusal ve uluslararası toplantılara katılmak ve yurt dışı temaslarda bulunmak.
j) Ajansın sekretarya işlerini ve görev alanına giren diğer hizmetleri yürütmek.
k) Yönetim kurulunun devrettiği yetkileri kullanmak.
